En 1466, l'autonomie de Mulhouse fut menacée
par les Habsbourg, soutenus par les nobles du voisinage, qui déclarèrent
la guerre à la ville sous un prétexte futile : six deniers dus par un
meunier mulhousien à un dénommé Hermann Klee, d'où le nom de « Guerre
des Six deniers » appelée en allemand : Sechs Plappertkrieg. Ces derniers
espéraient se venger des Mulhousiens et retrouver leur contrôle perdu
sur la cité. Pierre de Réguisheim déclara la guerre aux Mulhousiens
le 18 avril 1466. Les autres seigneurs locaux se joignirent à lui. Devant
les forces en présence, les Mulhousiens furent abandonnés par les autres
villes alsaciennes de la Décapole dont la cité faisait partie depuis
sa fondation. Dos au mur et décidés à ne pas capituler, les Mulhousiens
décidèrent de signer un traité d'alliance militaire avec les cantons
suisses de Berne et Soleure en 1466. Les trois villes devaient s'apporter
un secours militaire mutuel.
À côté de ça, les cantons de Schwytz,
Uri, Lucerne, Zurich, Zoug et Glaris prirent également le parti des
Mulhousiens. La cité devint indépendante de facto, ce n'était alors
plus l'empire qui assurait sa sécurité. À ce moment, Mulhouse ne se
retira pas officiellement de la Décapole ; ses relations avec elle furent
toutefois réduites au strict minimum. Les Mulhousiens finirent par ne
plus y contribuer financièrement et, avec leurs nouveaux alliés, écrasèrent
militairement les nobles. La guerre fut violente.
Les cités alsaciennes
de Turckheim et de Kaysersberg, effrayées par l'idée de voir les troupes
de Mulhouse et des confédérés en Haute-Alsace prirent l'initiative d'aider
les Mulhousiens ; elles rasèrent les forteresses d'Eguisheim et de Haut-Hattstatt
et tuèrent Hermann Klee. Face aux forces en présence, les nobles signèrent
un traité de paix et Pierre de Réguisheim dut dédommager les Mulhousiens.
La noblesse humiliée choisit alors une autre stratégie, celle de jouer
sur l'impopularité des Mulhousiens auprès des habitants des alentours.
L'offensive militaire mulhousienne avant le traité
de paix causa en effet de nombreux morts et dégâts sur les terres appartenant
à la noblesse. Celle-ci décida de déclarer la guerre de plus belle.
Illzach et Modenheim furent pillées et réduites en cendres par les nobles.
Les Mulhousiens réagirent en saccageant et incendiant les propriétés
seigneuriales voisines. L'empereur Frédéric III du Saint-Empire ne parvint
pas à faire cesser le conflit. Fribourg, Neuenburg et Brisach déclarèrent
à leur tour la guerre aux Mulhousiens et s'allièrent aux nobles. Le
Landvogt autrichien Thyring de Hallwyl s'unit également à eux.
Une
importante armée assiégea Mulhouse. La ville fut encerclée. À ce moment-là,
les confédérés décidèrent une offensive de grande ampleur pour venir
en aide aux Mulhousiens. Ils envoyèrent une armée composée de plusieurs
dizaines de milliers d'hommes en Haute-Alsace, les Bernois fournissant
le plus gros contingent. Les nobles, les Autrichiens et leurs alliés
furent écrasés et Mulhouse secouru. L'offensive dura quinze jours. Les
Mulhousiens et leurs alliés mirent à feu et à sang toute l'Alsace ainsi
que la Forêt-Noire. Les dégâts furent considérables, plus d'une centaine
de villages étant complètement rasés sur les terres seigneuriales. Plus
d'une dizaine de forteresses dans lesquelles les nobles s'étaient retranchés
furent assiégées, tombèrent et furent détruites. La victoire des Mulhousiens
et de leurs alliés fut sans appel. Sigismond d'Autriche dut signer en
1468 le traité de paix de Waldshut, qui reconnaissait les franchises
et libertés dont bénéficiaient les Mulhousiens et leurs alliés. Il fut
également contraint de dédommager financièrement les cités concernées.
À la suite des violences commises, la tension entre les Mulhousiens
et le reste des habitants de Haute-Alsace demeura très vive.
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